醫學應用化學系(原名應用化學系)成立於民國91年，在本校編制上，歸屬於健康管理學院。成立之初，乃是有感於在傳統產業升級的趨勢和新興高科技產業蓬勃發展的衝激之下，不論在傳統產業或健康醫學領域中應用化學的相關專長人才可以和許多不同領域的專業人才，可經由整合團隊而發揮最大成效。尤其是本校原先所具備的醫學教育背景，不僅可使本系學生接受和其他學校相同的化學基礎教育，同時，藉由本校相關學系課程的選修與師資的支援下，對健康醫學與化學相關領域應用人才的培育將是本系學生未來發展的重點，同時，這也是未來國內產業的發展重點。由於國內對於藥妝與保健食品化學及生物科技相關領域化學相關專長人才的需求培育十分殷切，故本系之教育目標確為補足相關領域人才之需求。
本系於民國95年獲准成立碩士班，並正式開始招生。希望有志進階研習醫學應用化學相關領域之學生能更進一步修習本系碩士學位，以更符合未來產業之需求。